Penelitian pada Program Studi Pendidikan Agama Islam STAI Hasan Jufri Bawean disesuaikan dengan tema-tema yang sesuai dengan karakteristik program studi, agar ciri khas Prodi Pendidikan Agama Islam STAI Hasan Jufri bawean semakin menonjol dibandingkan dengan prodi yang sama di perguruan tinggi lain. Hal ini telah merujuk pada Roadmap Penelitian STAIHA. Tema Penelitian yang ada di prodi Pendidikan Agama Islam harus mengacu pada tema riset, dan topik riset prioritas STAI Hasan Jufri Bawean. Ada 7 topik penelitian untuk Pendidikan Agama Islam.
| No | Nama Dosen | Tema Utama Penelitian Prodi |
| 1 |
Abd. Hadi Rohmani, M.Pd. Ansharuddin M, M.Pd. |
Pendidikan Karakter |
| 2 |
Dr. Nur Syarifuddin, S.HI., M.Pd.I. Salam, S.Sy, M.Pd |
Analisis Materi PAI di SMP dan SMA |
| 3 |
Dr. Izul Herman dan Dr. Nur Syarifuddin |
Motivasi Belajar Siswa |
| 4 |
Ansharuddin M, M.Pd. Salam, S.Sy, M.Pd |
Teknologi Pendidikan Agama Islam |
| 5 |
Sholihan, M.Pd. Dr. Izul Herman |
Kreatufitas Guru Pendidikan Agama Islam |
| 6 |
Salam, S.Sy, M.Pd dan Sholihan, M.Pd |
Desain Pembelajaran PAI |
| 7 |
Muwafiqus Shobri, M.Pd.I. |
Media Pembelajaran |
| 8 |
Mohammad Adnan, M.Pd.I. |
Pendidikan Karakter |