Program Studi pendidikan agama Islam (PAI) merupakan salah satu program studi di lingkungan STAI Hasan Jufri Bawean. Dalam penyelenggaraan pendidikan, Prodi PAI berada di bawah tanggung jawab STAI, bersama dengan program studi lain. Tata pamong penyelenggaraan pendidikan Prodi PAI dapat dilihat dalam struktur organisasi sebagaimana berikut:
Sedangkan pengelola prodi PAI periode 2020-2024 dapat dilihat pada struktur di bawah ini:
