Di awal berdirinya, tepatnya pada tahun 2010, STAI Hasan Jufri Bawean hanya memiliki dua prodi, yaitu Hukum Ekonomi Syariah (HES) dan Manajemen Pendidikan Islam. Di balik itu, dunia pendidikan di pulau Bawean masih kekurangan guru pendidikan agama Islam yang kompeten dan profesional. Berangkat dari tuntutan yang ada maka pada tahun 2014 STAI Hasan Jufri Bawean kembali mengajukan proposal pendirian untuk dua program studi baru yang salah satunya adalah prodi pendidikan agama Islam (PAI). Proposal ini ditanggapi dengan serius oleh dirjen diktis dengan mengeluarkan ijin oprasional untuk prodi PAI pada tanggal 18 Agustus 2015.
Berdirinya program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) bertujuan untuk mencetak lulusan PAI yang memiliki kompetensi tinggi dan profesionalisme di bidangnya serta memiliki peluang untuk menjadi pendidik dalam bidang agama Islam, menjadi peneliti yang kritis yang mampu memecahkan masalah-masalah pendidikan masa kini, memiliki kemampuan mengelola lembaga pendidikan Islam dan memiliki jiwa entrepreneur di bidang pendidikan.
Berdasarkan hal tersebut, maka Prodi PAI memperkuat kompetensi dan keahlian mahasiswa dengan berbagai mata kuliah teoritis dan praktikum yang mutakhir agar dapat menghadirkan proses pembelajaran yang berorientasi pada terciptanya mahasiswa sebagai insan pembelajar yang paripurna. Karena salah satu parameter derajat mutu pendidikan adalah keselarasan dan kesesuaian output pendidikan dengan kebutuhan masyarakat dan stakeholder (pengguna), serta laju perkembangan sains dan tehnologi.