Penelitian di Prodi Pendidikan Agama Islam STAI Hasan Jufri Bawean merujuk kepada pada tema-tema besar dan Roapmap penelitian diatas. Dalam pelaksanaannya, model yang digunakan adalah input, proses, dan output dimana pada setiap tahapan tersebut dilakukan strategi yang mengarah pada pencapaian target pengembangan penelitian. Bagian pertama adalah analisis masukan dan strategi (situasi, kemungkinan, kebijakan, keputusan), dan bagian kedua adalah indikator proses. 1. Mengikuti Konferensi Nasional dan Internasional 2. Melibatkan Mahasiswa 3. Memaksimalkan Sumber Daya Laboratorium 4. Menjalin Kerjasama dengan Peneliti LPTK Ketiga, tolok ukur keberhasilan meliputi: 1. publikasi, paten, Haki, Teknologi Tepat Guna, Buku; 2. (Jurnal Nasional Sinta 1-6)
Untuk menjamin keberlangsungan penelitian yang berlandaskan pada roadmap penelitian dan research gropus, maka diperlukan evaluasi yang dilakukan secara berkala dan sistematis. Evaluasi ini dilakukan setiap awal tahun sekali, sekaligus membahas terkait dengan evaluasi tahun yang telah berjalan, dan menentukan fokus judul penelitian yang akan dilaksanakan pada tahaun tersebut. evaluasi ini melibatkan para stakeholder, yaitu pimpinan program studi, dosen dan juga mahasiswa. Berdasar hasil evaluasi tersebut dilakukan refleksi dan perbaikan secara berkelanjutan